本校創辦於民國五十年，在這四十多年當中所經過艱苦奮鬥的歷程，乃形成了本校堅苦卓絕，不斷創新的校風。
創校起緣
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教育為立國之基，欲立國，必先樹人；因而創設學校，發展教育，為刻不容緩之事。四十八年春，田故董事長與本校諸董事商於文化古都創辦私立中學一所，以解決莘莘學子失學之苦，遂即著手進行；為集思廣益，於八日間田故董事長直接或間接與李正合、郭學禮、曹啟文、朱貫三、李世勳、魏佩蘭、王趁、吳源利、林占鰲、陳清曉諸先生審慎研究下欣然決議，設立本校，並請田故董事長總其大成 。
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商議既定，遂即勘察校地，群策群力，排除萬難，終於五十年秋，於焉以成，並以「崑山」名之。取「崑嶺肇基，作人興國，山嵎創業，樹德培英」之意，適值黨國元老田崑山此時仙逝，乃以此名用諸紀念。
校地收購經過
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四十八年，田故董事長與諸董事協商，預計在交通便利，環境清幽之原則下，開始勘覓校址，曾先後在東西南北各區勘查多次，其他地方亦有五、六處之多，都未盡理想，終作罷論。
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五月下旬，始擇定三分子十一號之二省有公地計二甲七分，乃請單世堯先生到地政事務所申請繪地製圖，李正合校長與市政府科長鄭日君、地籍股長鄭萬吉先生洽購，同時開始與佃農方清根先生洽地上物賠償問題，當時因索價太高，以致擱淺，後雖會同林占鰲先生徹夜與方先生經數十次之折衝協商，始談妥為卅五萬元。
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四十九年二月初，郭學禮先生南來，偕有關人員趨見市政府各主管，經多方說項，始允交市務會議決定。但此時正值市長競選期間，市務會議一延再延，至五月始召開會議，乃提出「私立崑山中學創辦人李正合申請租用三分子十一號之二公有耕地作為建校用地」一案。
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（五十年）三日，李校長乃夜以繼日，繼續奔走，且在辛市長「建設第一，教育為先」的號召下，各主管無不熱心協助，儘量幫忙，理應順利完成該項手續。不料此時又值新土地法頒布，規定省有土地停止出租，如出租須經省府同意。似乎可謂好事多磨了，董事們不但不氣餒，反而勇氣倍增而深知其能否成功，端賴董事們之耐力與毅力，據告須經教育、財政建設各廳之許可始得辦理，歸而即趕辦有無妨礙都市計劃證明及有關文件，又赴臺中建設廳等單位辦理手續，復承蒙李世勳、曾啟文先生之鼎力協助，終於在往返臺南、臺北、臺中十數次的堅苦旅程之中，完成了校地收購。
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五十二年十月又徵得方清根先生同意，復將其占有的三分子十一號之二省有地零點一八五私有地零點一二零甲新生地零點三八零六甲，共計零點六六一九甲，（計一八一六點四坪）以十四萬四千元代價轉讓本校；五十四年又向楊海豬先生購得三分子十一號之二省有地零點三四三甲，（計一二三二點二八坪）作為擴張校舍之用。
校舍建築
一、在校地購定之後，即請董事吳源利先生著手實地測量，並設計校舍配置圖依地形決定為「Ａ」形圖樣，「Ａ」形的中央為一樓平房教室五間，兩邊後端為二樓廁所各一棟，並接二樓教室各八間，再接三樓教室各十二間，前端為四樓大廈，一樓為通道，二樓為辦公廳，三樓為視聽教室，四樓為圖書館，「Ａ」的右側為科學館、游泳池，後邊為運動場，全部計畫將逐次於五年內完成。
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第一期工程，於五十年六月二十日動工，於「Ａ」字間建教室五間，九月初完工。
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第二期工程，於九月十八日動工，建二樓樓底層廁所一間、教室四間，以及校門、車棚、升旗台、福利社、橋樑等，於十月上旬先後完工。
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第三期工程，建築二樓上層教室四間、水塔、抽水機、水井等，於五十一年五月中旬動工，至九月開學前完工。
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第四期工程，建築三樓教室八間，臨時禮堂一棟，四樓辦公廳四間，會議室、實驗室、圖書館各一間，於五十二年三月動工，七、八、九月次第完工。同年十月動工新建校門、大馬路、思源池、慎思亭、精神堡壘等，均按照預定時日完工。
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第五期工程，建築三樓科學館一棟，一樓為化學館包括化學實驗室一間化學、儀器藥品及研究室一間，二樓為生物館，包括生物實驗室、生活教室、標本陳列室及研究室各一間，合計建坪為四百五十坪，工程費一百二十萬元，於五十四年六月動工，五十五年六月完工。
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第六期工程建築學生活動中心一棟，佔地一百四十坪，包括學生餐廳、交誼廳、音樂教室各一間。另重建三百米跑道一條，司令台一座，內包括體衛組、童軍訓練團、辦公室、保健室、軍訓器材倉庫各一間，並修水泥籃球場兩個，學生腳踏車棚三棟，教職員停車棚一棟，均於五十六年四月底以前次第完工。
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第七期工程，為興建六角亭（篤行亭）及水池（滄海池）宮殿式佈告欄各一座，及水溝、石堤及圍牆四百五十公尺，及填土整平禮當基地並將全教室整建為磨矼地面，均於五十九年八月底前全部完工。原有員生消費合作社，房舍低小，不敷學生活動，緩於六十五年二日拆除，重建為鋼筋水泥三層樓房。
二、本校為求容納日益聚增的學生及使校務推展獲得迅速的發展，乃於民國七十二年二月與崑山工專正式分開獨立。在這期間李董事荷、左董事修梅、吳董事柏喬，皆竭盡心力，多方奔走，使本校多年來最困擾而又無法解決之校舍增建之土地使用同意權，加以適度處理。並於民國七十二年三月一日動工，興建五層樓之教學大樓一棟（含地下室），附設餐飲中心共十五間，四層工職類科實習工廠及實習教室大樓，共計二十六間（含地上室）。已於八月底竣工正式啟用，目前本校各科實習工廠及教室，設備陣容已極為充實。其他如現代的電動校門，如今已整建完成啟用，而增建一樓辦公室，新建籃球、排球、網球場各一處，新建最現代化ＰＵ跑道田徑場及宏偉壯觀的司令台，重新整修校內排水系統，至於美化校園環境，花木的修飾，圍牆的增建，及柏油馬路的舖設，與大停車場的完工皆使全校環境煥然一新，全校師生士氣為之大振。而建築一棟台南市最具規模的學生活動中心及游泳池也是學校未來的重要建設計劃，其施工完後，則學校將來的發展遠景，必然光明燦爛無所限量的。
立案之經過
本校於四十八年初春，倡議建校，於四十九年二月二十六日即將設校計劃呈教育廳核示，後奉批示須補交土地證明及高中部之設校計劃，於是即著手土地收購，地權承租等工作，但因手續過繁，以致拖延年餘，至四十九年五月在台北召開第一次發起人會議，確定校名，並在臺南市設籌備處，於五十年四月二十日又在臺北召開董事會成廿大會，互選董事長、常務董事、及董事以及選任校長。並確定三年設校計劃先辦初中部，三年後增設高中。
於五月二十七日又將設校計劃呈送教育廳，同時又將董事會備案手續一一呈送，於八月八日奉教二字第零二九三七號令准予備案，於是立即辦理立案手續，於八月十一日即奉南市教字第三一七二五號令轉教育廳二字第零三零七六函核准立案，並奉頒校印在此期間教育廳程本海督學及第二科戴博文股長，先後來校視察與指導以及市教育科主管人員之諸多便利。與田故董事暨李世勳先生到處奔忙，此種精神上之鼎力支持，實為成功之要素。
五十年二月本校又請增設高中部，計劃呈廳後，奉派杜督學繩武來校視察，六月二十四日奉教二字第六二三二號令准予試辦結果呈廳，又奉派沈督學勁冬來校視察三次，終於五十五年十一月二十四日奉教二字第六八二五八號令准予立案。
五十七年八月二日，工職類科奉教三字第四四七一八號令准予立案，乃自五十七學年度起，先設電子設備修護科、化驗工科、及製圖科，又於五十八年七月二十五日教三字第五一二四一號令准增設機工科及電工科。
於六十三年八月奉令增設紡織科及美術工藝科。
於六十四年八月奉教育廳六十四年六月四日教二字第零二三六號准增綜合商業科兩班。
於六十八年六月奉教育廳教二字第零三三九六號令准增設機械製圖科及電器冷凍設備修護科。
於七十三年奉教育廳七三教二字第零四二九七號令准取消冷凍科，調整電子科及機工科及機工科各增一班。
七十七年取消綜合商科，增設美容科。
學校發展計劃
一、教務方面：
（一）、積極推動學生參加技能檢定，取得專業証照。
（二）、強化通識教育課程，加強人文科學教育。
（三）、配合政府政策，加強資訊教育，提升學生資訊智能。
（四）、為強化學生國、英語文能力，提昇學校早讀績效，規定學生早上七時卅分到校早讀，教務處規劃早讀教材內容及進度。
（五）、改善ＣＡＩ教室設備，增強教學效果。
（六）、強化學生外語能力，聘請美籍老師，教導學生英語會話及英語聽寫，鼓勵學生參加全民英檢。
（七）、設定教學績效目標，強化升學輔導效能，以提高升學率，顯現教學績效。
（八）、加強招生工作、達成學校設定之招生目標。
（九）、配合政府「終身學習」政策，鼓勵教師參加校外進修，以增進其專業技能。配合新課程鼓勵教師進修第二專長，以增進教師之專業技能。
（十）、繼續辦理綜合高中，強化升學輔導特色，加強生活教育，養成智德兼修的崑中青年，讓學生在快樂學習中成長。
（十一）、強化精緻教育，學校以優質的設備、優良的師資、良好的教學環境、優良的教學成果，以取得家長的認同。
二、學務方面：
（一）、配合政府溫馨校園政策，嚴格實施導師責任制度，讓導師與學生生活在一起，培養師生良好關係。
（二）、加強實行值日導師制度，校外值日導師制度，以協助學務工作之推展。
（三）、落實早讀工作，校園淨空，以培養學生讀書風氣。
（四）、落實學生出缺席登錄，當日未到者盡速聯絡家長，以做好管控業務。
（五）、管教學生以「多鼓勵少責罰」為原則，以激勵學生力爭上游之意志。
（六）、重視生活教育，每週舉辦秩序及整潔之榮譽競賽，以達到生活教育之實質效果。
（七）、為確實照顧特殊學生及身心疾病學生，特蒐集彙整成冊，耐心輔導。
（八）、加強學校與家庭間之聯繫。
（九）、每月推選生活表現優良學生，加以獎勵表揚，以激勵學生奮發向上。
（十）、落實關懷教育，讓學生參與社區服務，訪視身心障礙機關團體，由關懷他人，進而認識自己。
（十一）、落實生活禮儀教育，提昇國民良好品質，配合政府建立富而好禮的社會。
（十二）、為強化環保教育，做好環保資源回收工作，減輕垃圾量，成立環保糾察，協助管理，成效良好。
（十三）、加強防震、防火、防空之防災教育與演練，以增強學生防災應變能力。
（十四）、加強學生安全教育，使其免於意外或在意外中具有應變能力。
（十五）、將行為特殊學生建檔，給予妥善的關照與輔導。
（十六）、強化學生的榮譽心及自信心，鼓勵學生參加校外才藝競賽。
（十七）、配合政府政策，強化租稅教育、法律常識教育工作。
（十八）、加強學校社團活動，並於學期結束前，實施社團活動成果發表會，以提昇其功能。
（十九）、配合政府政策，加強水上游泳教育活動，持續辦理游泳課程，使學生具備水中生存能力。
（二十）、配合教育政策，加強校內、外體育活動，舉辦校內、外班際球類競賽活動。
（二十一）、充分利用社區資源並與社區建立良好關係，協助學校發展校務。
三、總務方面：
（一）、配合學校早讀政策，嚴格規定學生專車務必於七時二十五分前到校。
（二）、為配合社區化多元教學，將持續綠化、美化校園，增闢集會及表演場地，以提升境教之陶冶。
（三）、平時即加強各樓層、教室內外牆之粉刷保養，使學生有一個舒適安全的學習環境。
（四）、敦親睦鄰，開放校園，使社區民眾可到校從事體育活動，進而推展全民體育。
（五）、守衛室僱請保全公司人員進駐，確實掌控門禁。
（六）、增設各種運動休閒設施，如數位鋼琴教室、撞球教室、休閒運動中心。
（七）、財物採購皆依相關規定辦理，如公開招標之「財物及營繕工程」均依規定透過網路公告辦理。
（八）、針對「校舍安全及消防設備」每年皆編列經費委請合格實檢廠商加以檢查，積極維護校園安全。
（九）、盥洗室委由清潔公司清理，讓學生有個乾淨的使用空間。
四、輔導室：
（一）、加強親職教育。
（二）、宣導兩性平等教育。
（三）、實施心理測驗並統計分析。
（四）、對行為偏差之學生建立資料加強輔導。
（五）、強化學生資料之建立與分析。
（六）、加強防治學生心理疾病，做好輔導服務。
（七）、強化本校教師認輔工作。
（八）、強化輔導室之電腦諮商網。
（九）、鼓勵輔導人員參加校外進修活動。
（十）、設置班級輔導幹部，瞭解學生需要及建議，以發揚橋樑功能。
（十一）、實施偏差學生家庭訪問工作，盡可能與學生家長溝通，商議對策，以強化輔導功能。
（十二）、對於請假同學，實施電話訪問，並進行親師溝通。
（十三）、協助學務處校內外巡查。
（十四）、實施個別諮商、個案研究。
（十五）、強化高中職社區化學生輔導。
加強指導學生學習檔案之製作，並延續輔導。
